مسیر حرفه‌ای فاطمه جانکی با کارورزی در بیمارستان‌های شاخصی چون شهدای تجریش، امام حسین، طالقانی، اختر و مرکز توانبخشی رفیده آغاز شد؛ جایی که دانش نظری او با تجربه عملی آمیخته شد و درک عمیقی از نیازهای متنوع بیماران کسب کرد. او همچنین با مراکزی نظیر ضایعه نخاعی مولوی، مرکز ارتوپدی آسا، مرکز اتیسم مهان و مرکز بهزیستی سعادت همکاری مؤثری داشته است، که نشان از نگاه جامع و چندبُعدی‌اش به مسائل توانبخشی دارد. از سال ۱۳۹۶، خانم جانکی عضو رسمی کمیسیون پزشکی شهرستان رباط کریم و دبیر این کمیسیون در اداره بهزیستی شهرستان بوده‌ و در سال‌های اخیر به عنوان رییس توانبخشی هیئت پزشکی اداره ورزش و جوانان رباط کریم نیز فعالیت می‌کند. این مسئولیت‌ها، نه‌تنها گواه بر دانش فنی او، بلکه بیانگر اعتماد نهادهای رسمی به تخصص و بینش مدیریتی ایشان است.